六朝时期（222─589），随着都城的建立和城市的发展，南京迎来了城市建设史上的第一座高峰。六朝建康城从观念和基本形态上是按照古代的礼制传统建立的，是这一历史时期具有代表性的都城实体。

东吴、东晋、宋、齐、梁、陈六个王朝相继建都于南京，史称“六朝”。三国时期，孙权凭藉父兄之基业，建立了东吴政权，定都于南京，这是南京第一次成为中国封建王朝的都城。当时的南京，就规模、功能而言尚属草创，但东吴政权对南京的经营以及对江南地区的开发，为东晋、南朝的进一步发展打下了坚实的基础。

西晋末年，少数民族入侵，中原版荡。为避战乱，北方大族和士民大量南迁，史称“衣冠南渡”。南渡大族与江南士族共同拥戴西晋宗室司马睿为帝，定都南京，史称“东晋”。东晋时期，南京作为政权都城，在城市规模、布局、功能等方面都有了很大的发展。尤其重要的是，以南京为中心的东晋政权，在中原统一王朝崩溃的历史转折关头，保住了东南半壁，使由于战乱濒于毁灭的汉文化传统得到传承，并在新的时空条件下得以弘扬，这是南京对中华文明的最重要贡献之一。

到南朝中期，南京已成为经济、文化高度发达的大都市，被称为东西方两大文明中心之一。

在六朝近370年的时间里，南京在城市建设、经济发展、文化传承与创新等方面都达到了前所未有的高度。六朝建康城宫室壮丽，人烟繁密，手工业和商业高度繁荣，成为一座举世闻名的东方大都会。